ผลการศึกษาเรื่องพันธุ์ปลาในแม่น้ำโขงบนพรมแดนไทย-ลาวตอนบนตั้งแต่แก่งคอนผีหลงไปจนถึงแก่งผาได จังหวัดเชียงราย (เครือข่ายแม่น้ำเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ 78 หมู่ 10 ถ.สุเทพ ต.สุเทพ อ.เมือง จ.เชียงใหม่ 50200 Southeast Asia Rivers Network (SEARIN) จากงานวิจัยชาวบ้านสำรวจพบว่า แม่น้ำโขงพรมแดนไทย-ลาวตอนบนตั้งแต่แก่งคอนผีหลงไปจนถึงแก่งผาได มีพันธุ์ปลาท้งหมด 96 ชนิด ตะพาบน้ำ 1 ชนิด และกุ้ง 2 ชนิด คือกุ้งฝอย และกุ้งใหญ่ โดยแยกได้ดังนี้

1. ปลาหายากและใกล้สูญพันธุ์ 13 ชนิด
งานวิจัยชาวบ้านพบว่า ปลาธรรมชาติในแม่น้ำโขงบริเวณพรมแดนไทย-ลาวตอนบนมีพันธุ์ปลาที่หายากและใกล้สูญพันธุ์ทั้งหมด 13 ชนิด ได้แก่ปลาบึก ปลาเอินหรือปลาเสือ ปลาเลิม ปลาสะนากปากบิด ปลาคูณ ปลาปึ่ง ปลาหว่าหัวดำ (นอ) ปลาหว่าแก้มแต้ม ปลากะ ปลาทรายและปลาเซือม

นักวิจัยชาวบ้านจัดให้ปลาดังกล่าวเป็นปลาหายากและใกล้สูญพันธุ์ เนื่องจากจับไม่ได้ในช่วง 5-30 ปีที่ผ่านมา โดยแบ่งเป็น
- ปลาที่จับไม่ได้ตั้งแต่ 5 ปีย้อนหลัง 3 ชนิด คือ ปลาบึก ปลาทราย และปลาฝาไล
- ปลาที่จับไม่ได้ตั้งแต่ 10-30 ปีย้อนหลัง 9 ชนิด คือ ปลาเอินหรือปลาเสือ ปลาเลิม ปลาสะนากปากบิด ปลาเซือม ปลาคูณ ปลาปึ่ง ปลาหว่าหัวดำ (นอ) ปลาหว่าแก้มแต้ม และปลากะ

ส่วนปลาเอี่ยนหู หรือตูหนาหูขาว เป็นปลาที่พบน้อยมาก ชาวบ้านไม่รู้จักปลาชนิดนี้และเชื่อว่าเป็นปลาพญานาค ตั้งแต่ปี 2545-2547 มีคนหาปลาได้ทั้งหมด 4 ตัว น้ำหนักสูงสุด 6 กิโลกรัม จากข้อมูลของ ดร.ชวลิต วิทยานนท์ ได้ระบุว่าปลาชนิดนี้วางไข่ในทะเลลึกระหว่างเวียดนามกับฟิลิปปินส์ก่อนที่จะอพยพเข้ามาในแม่น้ำโขงและแม่น้ำสาขา

2. ปลาต่างถิ่น 10 ชนิด
สำหรับปลาต่างถิ่น 10 ชนิด พบในแม่น้ำโขงเนื่องจากมีการปล่อยลงไปโดยกรมประมง เช่น ปลาจีน สวาย จาระเม็ด นวลจันทร์ เป็นต้น บางชนิดหลุดมาจากบ่อเลี้ยงในช่วงที่น้ำท่วมบ่อปลาของชาวบ้าน และมีการปล่อยลงในแม่น้ำโขงและน้ำสาขาโดยไม่ได้ตั้งใจ เช่น ปลากูด เป็นต้น 3. ปลาท้องถิ่น 73 ชนิด
งานวิจัยชาวบ้านพบว่าปลาธรรมชาติหรือปลาท้องถิ่น เป็นปลาที่อยู่ตามแก่งผา 15 ชนิด ปลาอยู่กว๊าน 15 ชนิด ปลาอยู่โคก 24 ชนิด ปลาอยู่ดอนในยามถูกน้ำท่วม 9 ชนิด ปลาอยู่หาด 20 ชนิด ปลาอยู่ร้อง 6 ชนิด ปลาอยู่หลง 9 ชนิด ปลาอยู่หนอง 13 ชนิด ปลาอยู่แจ๋ม 2 ชนิด ปลาอยู่น้ำสาขา/ห้วย 51 ชนิด และปลาอยู่ริมฝั่งน้ำโขง 57 ชนิด ปลาบางชนิดอยู่อาศัย หากินตามระบบนิเวศน์ย่อยมากกว่า 1 ระบบนิเวศน์